Regnet silte ned mens de to lederne begynte minneseremonien med å legge ned en krans ved den tyske krigskirkegården ved Consenvoye.
Hollande og Merkel gikk mellom rekkene av svarte kors hvor navnene til falne tyske soldater er inngravert.
De 11.000 soldatene som er gravlagt her, er bare en liten andel av alle dem som falt i slaget mellom franske og tyske styrker ved Verdun. Slaget ved Verdun har blitt stående som et symbol på den vettløse sløsingen med menneskeliv som ofte forbindes med første verdenskrig.
Blodig slag
Over 300.000 mennesker ble drept mellom februar og desember i 1916, og slaget var et av de blodigste i første verdenskrig.
– Verdun er mer enn kun et navn på en by. Verdun er også en av de mest grusomme kampene menneskeheten har opplevd. Vi må holde minnene om Verdun levende i fremtiden, for kun ved å kjenne fortiden kan man ta lærdom fra den, sa Merkel under en tale søndag.
– Beste og det verste i Europa
Søndag ettermiddag skal det avdekkes en plakett ved minnesmerket i Verdun i forbindelse med hundreårsmarkeringen. Der skal også EU-parlamentets president Martin Schultz, EU-kommisjonens president Jean-Claude Juncker og EU-president Donald Tusk delta.
– Verdun er en by som representerer det beste og det verste i Europa. Det er hvor Europa ble fortapt, men byen var også i stand til å knytte vennskapsbånd og fred mellom Frankrike og Tyskland, sa Hollande under hundreårsmarkeringen.
Dagen rundes av med et besøk til monumentet i Fleury-devant-Douaumont, der beinrester etter 13.000 uidentifiserte soldater ligger.