Det opplyser det etiopiske regjeringen, ifølge AFP.
Det var personer fra den sørsudanske stammen Murle som fredag skal ha gått til angrep på den rivaliserende Nuer-stammen. Nuer er den nest største folkegruppen i Sør-Sudan, men holder også til på etiopisk side av grensen.
Murle-stammen på sin side holder til i den østlige sørsudanske regionen Jonglei og foretar ofte kvegraid av denne typen.
– I grenseområdene er kvegkrangel og raid ikke uvanlig, men noe slikt er annerledes, sier talsmann for det etiopiske utenriksdepartementet, Tewolde Muluteg til AFP.
– Våre styrker forfølger nå angriperne og har drept flere.
Barn bortført
Muluteg opplyste ikke om den etiopiske hæren hadde krysset grensen til Sør-Sudan i sin jakt på angriperne, men han la til at hans regjering ikke mistenkte at de bevæpnede mennene hadde noen tilknytning til hverken den sørsudanske regjeringen eller opprørerne i landet.
Etiopias informasjonsminister Getachew Reda sier til Al Jazeera at minst 140 mennesker har blitt drept og at etiopiske styrker har drept 60 av angriperne.
I tillegg skal en rekke barn og kvinner være bortført av murlene.
Reda sier at etiopiske styrker ikke har krysset grensen til Sør-Sudan enda.
– De har ikke krysset enda, men kommer til å gjøre det om det trengs, sier han.
300.000 flyktninger
Rett over grensen for kjerneområdet til murlene, i den vestlige etiopiske regionen Gambella, oppholder nesten 300.000 sørsudanske flyktninger seg etter at en maktkamp mellom president Salva Kiir og tidligere visepresident Riek Machar eksploderte i borgerkrig i desember 2013.
Nuerne utgjør en stor del av flyktningene, og opprørsleder Machar tilhører også denne folkegruppen. Murlene og nuerne har tidligere ligget i blodige stammefeider med hverandre
Etiopia har vært sterkt involvert i de sørsudanske fredsforhandlingene, mye på grunn av risikoen for at konflikten kan destabilisere Gambella.