Brannvesenet fikk løs begge personene, som satt fastklemt i hver sin bil.
Den ene personen ble flydd til St. Olavs hospital med luftambulanse, mens den andre ble tatt til sykehus med ambulanse.
– Begge er hardt skadd, men jeg kan ikke si noe om det er livstruende, sier operasjonsleder Arnt Harald Aaslund i Trøndelag politidistrikt til NRK.
Motsatt kjørefelt
Politiet vet ikke hva som er årsaken til ulykken, annet enn at den ene bilen kom over i motsatt kjørefelt.
– Et vitne på stedet har fortalt om situasjonen, men jeg kan ikke gå i detalj om hva som er forklart, forteller Aaslund.
Det var kun to personer involvert i ulykken.
Politiet opplyser ved 17.30-tiden at to vitner er avhørt i saken.
E39 åpen igjen
Ulykkesstedet ligger like ved Orkanger sentrum, mellom Gjølmeslia og Grønøra.
Politiet meldte først om ulykken like før klokken 09.
E39 var stengt etter ulykken, men ble åpnet igjen for normal trafikk like før klokken 11.00.