Kaepernick nektet å reise seg under avspillingen av den amerikanske nasjonalsangen under en oppkjøringskamp til 49'ers fredag, og har signalisert at han vil fortsette med det.
Handlingen er en protest mot det han omtaler som rasediskriminering og politivold i USA.
– Her må det bli en forandring. Når det har blitt en merkbar endring og jeg føler at flagget representerer det jeg føler at det skal representere, da skal jeg stå, sier Kaepernick.
Flere unge og også ubevæpnede svarte menn er den siste tiden blitt skutt av politiet, noe som har skapt sinne og frustrasjon i de svarte miljøene i USA.
Les:
– Jeg kommer til å si sannheten når jeg blir spurt om den. Dette er ikke for å skape publisitet eller noe sånt. Dette er for folk som ikke har en stemme, forteller han.
– For meg er dette større enn fotball, og det ville være egoistisk av meg å se en annen vei.
Bakgrunn: I snitt dreper amerikansk politi tre mennesker hvert døgn
Trump engasjerer seg
Handlingen har skapt et voldsomt engajement i USA og Colin Kaepernick har fått kritikk fra flere hold.
Aksjonen har blitt oppfattet som en vanæring av flagget og alt fra idrettsutøvere til politikere har kommentert handlingen til spilleren.
Presidentkandidat Donald Trump har også kastet seg inn i debatten. På velkjent vis ber han Kaepernick finne seg et annet land.
– Kanskje han burde finne seg et land som fungerer bedre for ham, sier Trump, ifølge The Telegraph.
President Barack Obama har foreløpig ikke sagt noe, men talsperson Josh Earnest uttalte nylig at det ikke hadde blitt diskutert med presidenten, men at han var sikker på at han kjente til spillerens aksjon.
Tidligere NFL-stjerne Hines Ward (Pittsburgh Steelers) skriver i en melding på Instagram at han respekterer meningene til Kaepernick, men ikke aksjonsformen.
Jerry Rice, som vant tre Super Bowl med 49ers, melder på Twitter at Kaepernick bør respektere flagget.
Får støtte fra veteraner
Kaepernick får imidlertid også støtte fra selveste NBA-legenden Kareem Abdul-Jabbar.
– Han gjør akkurat det Thomas Jefferson sa man burde gjøre, han snakker ut, sier han til CNN.
Under emneknaggen «VeteransForKaepernick» på twitter har også flere USA-veteraner gitt sin støtte til spilleren, ifølge CNN.
NFL-ikonet Jim Brown er en annen som stiller seg bak Colin Kaepernick.
– Jeg tror Pandoras eske er åpnet nå. Det er jeg veldig fornøyd med, uttaler han.
Hovedpersonen selv sier i et intervju at han er fornøyd med all oppmerksomheten dette har fått.
– Det at dette er blitt en så stor sak, er en god ting. Det skaper bevissthet rundt saken, sier han.