Den tsjekkiske fansen klatret over et gjerde for å angripe Bratislava-fansen.
De angrepne slovakene svarte med å ta seg inn på banen, slik at kampen ble avbrutt i det 40. minutt, skriver NTB. Politiet skal ha vært tvunget til å involvere seg.
Fullførte kampen
En UEFA-delegat bestemte at kampen skulle fortsette, men ga den svenske dommeren Martin Strömbergsson beskjed om å avbryte hvis slåssingen fortsatte.
I 2.-omgang ble Sparta Praha for sterke, og bortelaget vant til slutt 3-0.
De to lagene møttes flere ganger i den tsjekkoslovakiske ligaen da landene var samlet i samme stat.
Bråk i EM-kvaliken
Tidligere denne måneden ble kampen mellom Serbia og Albania avbrutt da en drone med et albansk flagg entret stadion.
Serbia-spilleren Stefan Mitrovic rev ned flagget, noe som fikk de albanske spillerne til å reagere.
Da stormet serbiske tilhengere banen og albanerne.
UEFA har avgjort EM-skjebnen til Serbia og Albania, men vil ikke si hva de har bestemt før fredag.