Portugiseren var selv ikke til stede under oppgjøret.
Han var suspendert etter uheldig oppførsel mot dommerne under tapet for West Ham og fikk dermed ikke følge Premier League-møtet fra trenerbenken.
Chelsea har skuffet stort i ligaen denne sesongen.
Stamford Bridge-laget ligger på en særdeles svak 16.-plass med kun elleve poeng på tolv kamper og begynner å nærme seg nedrykksstreken.
Støtter Mourinho
Tapet for Stoke er lagets tredje strake i serien, og kan være det som sender manager Mourinho på døren. Det skal være første gang siden oktober 1999 at laget taper tre ligakamper på rad.
Chelsea-keeper Asmir Begovic mener laget spilte godt nok til å hente hjem poeng, men legger til:
– Når ting ikke går din vei, får du ikke det hellet du fortjener, sa han etter kampen, ifølge BBC.
Etter tapet øker presset på Mourinho, flere har spådd at portugiserne er ferdig i klubben. Gary Lineker tillot seg å more seg på hans bekostning.
«Siste nytt: Et fjernsyn ble akkurat kastet ut av et hotellvindu i Stoke», skriver Lineker på Twitter, og sikter til at Mourinho fulgte kampen fra hotellrommet.
– Det er ikke noe vi kan styre, men du kan se på innsatsen at vi stiller oss bak manageren. Vi tror han at han er rett mann. Han er en mann vi jobber hardt for, sier imidlertid Begovic.
Stoke klatrer på tabellen
Marko Arnautovic ble matchvinner etter 53 minutter med en akrobatisk volley, og seieren sender Stoke opp til 12.-plass på tabellen.
Mark Hughes' menn hadde en tøff sesongstart, men har fått sving på sakene i det siste.
Chelsea kjempet desperat for å komme tilbake i kampen etter scoringen til Arnautovic, men kom ikke nærmere enn Pedros stolpeskudd.