Veteranen Raul Gonzalez scoret to ganger for vertene i den viktige seieren. For Mohammed Abdellaoue ble det en sur dag der han ble skadd like før pause.
Moa hinket av banen med smerter i det høyre kneet etter en duell med Kyriakos Papadopoulos i det 40. minutt, og trener Mirko Slomka frykter det verste.
– Jeg tror det er en korsbåndskade, men vi må vente på svar, uttalte han til Sky Sports.
Schalke kom et steg nærmere direkte kvalifisering til mesterligaen med søndagens seier. Laget har fem poengs forsprang til 4.-plasserte Borussia Monchengladbach.
Etter kun seks minutter headet Raul inn sin første scoring, og samme mann doblet ledelsen like etter sidebytte med en flott scoring. Etter 62 minutter trygget spisskollega Klaas-Jan Huntelaar seieren med sin 3-0-scoring.
Hannover falt med tap til 8.-plass i Bundesliga.
Per Ciljan Skjelbred var ubenyttet reserve da Hamburg spilte 1-1 hjemme mot Leverkusen. Mladen Petric sendte vertene foran på straffespark etter 39 minutter, men Andre Schurrle sørget for uavgjort i annen omgang.