25 år gamle Neuer har spilt for Schalke i sin voksne fotballkarriere, men søker større utfordringer. Klubbene ble enig om overgangen onsdag slik at han kunne skrive under en femårskontrakt.
Allerede i april gjorde Neuer det klart at han ikke ville forlenge kontrakten med Schalke når den går ut ved årsskiftet.
Også Manchester United var ute etter Neuer.
- Jeg gleder meg til denne store utfordringen det er å spille i Bayern München. Mange av mine landslagskolleger spiller i klubben så jeg tror jeg ikke får noen problemer med å finne meg til rette, sa Neuer.
Neuer er for tiden på Tysklands landslagssamling i Frankfurt. Fredag er det EM-kvalifiseringskamp mot Østerrike i Wien.