Bin Hammam, som er fra Qatar og er president i Asias fotballforbund, kunngjorde dette på sin egen nettside natt til søndag.
– Jeg valgte å stille som presidentkandidat fordi jeg var, og fortsatt er, engasjert for å få endringer innen FIFA-systemet. Men de siste hendelser har såret og skuffet meg, både profesjonelt og personlig, sier Bin Hammam.
Det skjedde bare timer før han skulle ha møtt i FIFAs etiske komité for å svare på anklagene om korrupsjon.
Der skulle han møtt sammen med sittende president Sepp Blatter, som også er under etterforskning. Blatter selv har hatt hektiske timer etter at FIFA fredag kunngjorde at de vil gå sin egen president etter i sømmene.
Han rakk blant annet ikke å komme på lørdagens mesterligafinale, fordi han måtte forberede seg til søndagens høring i Zürich.
Bin Hammam var Sepp Blatters eneste motkandidat i presidentvalget 1. juni. Han har hele tiden nektet for å ha gjort noe galt og slo senest torsdag fast at han ikke aktet å trekke seg.
– Jeg er overhodet ikke redd for å svare på spørsmålene etikk-komiteen måtte ha til meg på høringen. Så lenge komiteen gjennomfører en rettferdig prosess, har jeg intet å frykte, har Bin Hamman sagt i en uttalelse.
Blatter har vært president i FIFA siden 1998, og alt tyder på at han vil bli gjenvalgt for en fjerde periode.
Bin Hammam hevder at anklagene som er framsatt mot ham selv i en rapport fra et annet styremedlem i forbundet, er politisk motiverte.
Les mer om korrupsjonsanklagene mot president Blatter, Bin Hamman og visepresident Jack Warner her