Fannemel tok selv avgjørelsen om å stå over rennet.
Han skadet kneet da han hoppet i Lahti i helgen, men hadde i utgangspunktet tenkt å delta i tirsdagens hopprenn.
Nordmannen kjemper nemlig om å vinne verdenscupen sammenlagt. 23-åringen er 197 poeng bak lederen Peter Prevc.
Nå kan det bli vanskelig for Fannemel å hente inn sloveneren.
– Er usikker
Etter treningshoppingen tirsdag i Kuopio dro Fannemel tilbake til hotellet, forteller landslagssjef Alexander Stöck.
– Han føler seg litt usikker. Han har fortsatt smerter i kneet og jeg synes det er en riktig avgjørelse av ham at han sier nei. Det er ikke lurt å hoppe hvis man føler seg usikker, sier Stöckl til NRK.
– Snart klar igjen
Under søndagens renn i Lahti fikk Anders Fannemel akutte smerter i kneet da han landet etter hans første hopp. Han hoppet likevel andre omgang og endte til slutt på 3.-plass.
– Han gjennomførte noen hopp her for å se om kneet var greit, men bestemte seg for å stå over, sier Stöckl.
– Når blir han klar igjen?
– En slik skade går vanligvis over i løpet av rundt tre dager. Jeg håper at han er klar til Granåsen, men senest til Holmenkollen, sier landslagssjefen.
Uten Fannemel har Norge fem utøvere på startlisten i tirsdagens renn: Rune Velta, Anders Jacobsen, Anders Bardal, Johann Forfang og Phillip Sjøen.