Onsdagens etappe var langt tøffere enn de to foradgående i rittet, og inneholdt blant annet en knallhard stigning på 11 kilometer opp mot Gaustadråen.
Her tapte Boasson Hagen en del til Hansen, men nordmannen kjørte svært bra i utforbakkene ned mot Rjukan.
– Det var utrolig tøft over toppen. Opp hele bakken egentlig. Jeg klarte ikke å være med da de stakk, men jeg klarte å hente inn mye nedover og det var bra. Men jeg skulle gjerne vært helt foran, sier han til NRK.
– Veldig fornøyd
Edvald Boasson Hagen viste at formen er på vei tilbake under den tredje etappen i Tour of Norway som gikk fra Skien til Rjukan, en distanse på 181 kilometer.
– Formen er bra. Jeg kjente det under hele løpet, sier Boasson Hagen til NRK.
Tinkoff-Saxo-rytteren Jesper Hansen (24) fra Danmark ble likevel for sterk, og sikret 1. plassen, mens Boasson Hagen endte på 2. plass - 37 sekunder bak dansken.
Ivan Santaromita fra Italia tok 3. plassen. Hansen tok med dette også sin første seier som profesjonell.
Han leder nå sammendraget etter rittets tre første etapper foran Edvald Boasson Hagen, som er 38 sekunder bak.
– Jeg er veldig fornøyd, sa dansken til TV 2 like etter målgang.
– Edvald er på vei tilbake
Alexander Kristoff vant de to første etappene av Tour de Norway og ledet sammenlagt etter to etapper. Fredag ble det imidlertid for mange motbakker for spurtspesialisten, som trives best på flate etapper.
Han endte til slutt på 10. plass og måtte dermed overlate sammenlagtledelsen til sin danske konkurrent. Kristoff er nå 1.20 bak Hansen og sjanseløs i kampen om en sammenlagtseier.
– Det ble som forventet. Jeg ble sliten etter å ha kjørt oppover dalen her, sier Kristoff til NRK.
Han gleder seg imidlertid over andreplassen til Boasson Hagen.
– Edvald er på vei tilbake. Jeg hadde tippet ham som seierherre i dag, det er en løype som passer ham bra, sier han.
Andreas Vangstad ble nummer fem fredag, Odd Christian Eiking kom på 7.-plass, mens Vegard Stake Laengen ble nummer ni. Lars Petter Nordhaug kom på 12. plass.
Rittet fortsetter med 167 kilometer lang etappe fra Rjukan til Geilo lørdag og avsluttes på Eggemoen søndag.