Selskapets hovedkontor i Stavanger ble ransaket av inspektører fra EFTAs overvåkingsorgan ESA tirsdag som en følge av mistankene.
Stoltenberg sier at undersøkelsene må gå sin gang, uten politisk innblanding.
– ESA har åpnet og startet undersøkelser. De må gjennomføre disse undersøkelsene og finne ut av hva som har skjedd. Statoil har opplyst at de er opptatt av å samarbeide med ESA, og det er vi glade for. Det er viktig at det er selskapet som er i dialog, og at ikke norske politikere går inn i det som nå skal undersøkes av tilsynsmyndighetene, sa statsministeren i Stortingets vandrehall etter den muntlige spørretimen onsdag.
Den norske staten eier 67 prosent av aksjene i Statoil. Statoil risikerer ifølge ledende norske jurister på området EU- og konkurranserett bøter på opptil 10 prosent av omsetningen, noe som betyr en bot på opptil 70 milliarder kroner.
Statoil-direktør Helge Lund sier at en kontroll ikke er det samme som en konklusjon, og Statoils styreleder Svein Rennemo sier at han ikke kan tenke seg at Statoil har vært med på prismanipulering.