Tyfonen Bopha er det kraftigste uværet som har rammet landet hittil i år. Noen personer er truffet av trær og lyktestolper som ble blåst over ende.
De mange omkomne er meldt i byen New Bataan på Mindanao.
– Jeg har talt 43 døde på gulvet, fortalte journalist Vina Araneta fra den filippinske TV-kanalen ABS-CBN på telefon.
Tidligere har myndighetsrepresentanter fortalt om åtte omkomne andre steder på øya.
Blant de 20 savnede er seks soldater i en militærleir som ble oversvømmet av store vannmasser.
Minst 80 flyavganger er til nå kansellert, mens vel 3.000 ferjepassasjerer står fast. På Mindanao har vel 41.000 mennesker måttet søke ly for uværet i offentlige bygg. Fra før var over 150.000 mennesker evakuert.