Det var ankedomstolen ved FNs krigsforbryterdomstol for det tidligere Jugoslavia (ICTY) som fredag frikjente de to.
Begge ble i 2011 dømt til langvarige fengselsstraffer på henholdsvis 24 og 18 års fengsel som de nå altså er frikjent fra.
Les mer:
Begge ble i 2011 dømt til langvarige fengselsstraffer på henholdsvis 24 og 18 års fengsel. Domstolen beordret at de to øyeblikkelig skal settes fri.
Anklaget for massakrer
Gotovina var general i den kroatiske hæren og regnes som en av hovedmennene bak Operasjon Storm, betegnelsen på militæroperasjonen da Kroatia i august 1995 tok tilbake nesten en tredel av territoriet som hadde vært under serbisk kontroll siden 1991.
Gotovina var anklaget for å stå bak massakrer på minst 150 mennesker og for å ha fordrevet de rundt 200.000 serberne som bodde i området.
Også politikommandanten Markac var dømt for krigsforbrytelser under Operasjon Storm.
Saken er blitt fulgt med stor intensitet i Kroatia, der særlig general Gotovina hos mange regnes som nasjonal helt.
– Mistet troverdighet
Serbias visestatsminister, Rasim Ljajic, sier krigsforbryterdomstolen har mistet «all troverdighet» etter frikjennelsen.
– Det som skjedde i dag er et vitnesbyrd om den selektive rettferdigheten, som er verre enn urettferdighet, sier Ljajic ifølge nyhetsbyrået Beta.
Serbias president, Romislav Nikolic, mener dagens avgjørelse var politisk.
– Det er nå helt klart at domstolen har tatt en politisk avgjørelse og ikke en juridisk. Dagens kjennelse vil ikke bidra til stabilisering av situasjonen i regionen, og vil åpne gamle sår, sier Nikolic i en skriftlig uttalelse.