Kjærsgaard har i 17 år vært leder for partiet som hun var med på å stifte.
Ifølge avisen Berlingske har Kjærsgaards avgang vært planlagt i over sju måneder, men partiets folketingsgruppe ble først orientert tirsdag kveld.
Hun skal selv ha pekt ut gruppeformann Kristian Thulesen Dahl som sin etterfølger.