Det er ventet at de nye sanksjonene, som var en del av et forsvarsbudsjett på 3976 milliarder kroner, vil skape enda større splid mellom de to landene.
Sanksjonene er rettet mot Irans sentralbank og finanssektor, og er ment å straffe landet for sitt mye omdiskuterte atomprogram.
- Les også:
De innebærer at utenlandske selskap må velge om de vil gjøre forretninger med Irans olje- og finanssektor eller sentralbank, eller om de vil handle med USA.
For få dager siden truet Iran med å stoppe all oljetransport gjennom Hormuz-stredet dersom Vesten innfører sanksjoner mot landets oljeeksport.
Obama var skeptisk
Obama signerte lovforslaget til tross for både dette og bekymringer om hva sanksjonene kan føre til for forholdet mellom USA og nasjoner som Russland og Kina.
Men dette var ikke Obamas eneste skepsis mot lovforslaget. I tillegg uttrykte han bekymring over at loven vil utvide det militæres myndighet over terrormistenkte og samtidig innskrenke presidentens makt i utenrikssaker.
– Det at jeg støtter dette lovforslaget helhetlig, betyr ikke at jeg er enig i alt det inneholder, sa Obama lørdag.
Les også: