Det uttaler Kadhem Zine al Abidine, en talsperson for justisdepartementet i Tunisia, til nyhetsbyrået AFP.
Al Abidine gav ingen bakgrunn for arrestordren, men ifølge tunisiske aviser er Arafat anklaget for korrupsjon som skal ha funnet sted våren 2007.
– Baksnakket lederne i landet
Suha Arafat opprettet Carthage International School i Tunis sammen med tidligere førstedame Leila Trabelsi, men skal senere har kommet i uoverenstemmelser med henne i forbindelse med nedleggelsen av en annen privatskole - som kunne ha blitt en direkte konkurrent med skolen de opprettet.
48 år gamle Suha Arafat ble fratatt sitt tunisiske statsborgerskap i 2007 etter uoverenstemmelsene med den regjerende familien i Tunisia.
Ifølge amerikanske diplomatiske kilder avslørt av Wikileaks, skal Suha Arafat ha møtt den daværende amerikanske ambassadøren og baksnakket den regjerende familien i landet.
Avviser anklagene
Hun har de siste årene for det meste oppholdt seg i Frankrike sammen med datteren Zahwa, men befinner seg nå på Malta.
Arafat avviser korrupsjonsanklagene.
– Jeg avviser alle anklagene som er nevnt i media. Jeg er rede til å håndtere anklagene, til å innlevere dokumenter og jeg har satt en tunisisk advokat på saken, sier hun til nyhetsbyrået AFP fra Malta.
– Levde luksuriøst liv i Paris
Suha Arafat giftet seg med den historiske lederen Yasir Arafat i 1990, men ekteskapet deres ble ikke offentlig kjent før to år senere.
Suha arbeidet som generalsekretær i Den palestinske frigjøringsorganisasjonen, PLO, som hadde sitt hovedsete i Tunisia mellom 1982 og 1994.
I 1995 ble parets eneste barn, Zahwa, født ved et privat sykehus i Paris - men ekteskapet tok snarlig slutt.
Mens Yasir Arafat ledet palestinernes sak i Gaza og i Ramallah, ble hans tidligere kone ofte anklaget for å tømme palestinernes magre offentlige fond for å føre en luksuriøs livsstil i Paris.
Yasir Arafat døde i november 2004.
- LES OGSÅ: