Ifølge forsvarsdepartementet hørte marinen tre granater og så en av dem lande ved den nordlige grenselinjen (NLL).
– Som svar avfyrte vi tre skudd som landet i nærheten av NLL, sier en talsmann for departementet.
Åsted for fatale oppgjør
En ofisiell sør-koreansk tjenestemann som ble sitert, sa at granatene landet utenfor øya Yeonpyeong.
Det er imidlertid ikke kjent på hvilken side av grensen granatene falt.
Den omdiskuterte grensen har flere ganger vært åsted for fatale oppgjør.
Også i november i fjor avfyrte Nord-Korea granater mot øya. Fire mennesker ble drept i angrepet, som blir omtalt som et av de verste siden Korea-krigen.
Hendelsen utløste protester i Sør-Korea, som svarte med å øke antallet militære tropper på øya. Det ble også uttalt at de ville reagere med større kraft i framtiden, skriver BBC.
Krisen kom måneder etter at det sør-koreanske krigsskipet, de Cheonan, ble senket, noe Nord-Korea måtte ta skylden for.
– Militærøvelse
– Jeg tror ikke dette er noe alvorlig, sa en ikke navngitt tjenestemann til nyhetsbyrået Yonhap.
– Vi prøver å finne ut av om skuddene ble avfyrt med overlegg eller ved et uhell.
Ifølge TV-stasjonen YTN skal det dreie seg om en militærøvelse.
De to landene, skal ifølge BBC, teknisk sett fremdeles være i krig, selv om Korea-krigen endte i 1953.
