Mubarak blir transportert med ambulanse til Sharm el-Sheikh lufthavn, før han drar videre til Kairo, melder egyptiske medier.
83 år gamle Mubarak må, sammen med sønnene Alaa og Gamal møte for retten i politihøyskolens lokaler i Kairo onsdag. Også tidligere innenriksminister Habib al-Adly og seks sikkerhetssjefer må møte.
Alle anklages for å ha stjålet store pengesummer fra statskassa og for å ha beordret drap på over 800 demonstranter under folkeopprøret som startet 25. januar.
- LES OGSÅ: Valget i Egypt kan bli forskjøvet
Kan få dødsstraff
Utenfor rettslokalene i den egyptiske hovedstaden oppsto det sammenstøt mellom tilhengere og motstandere av Mubarak. Det ble kastet stein fram og tilbake mellom de to gruppene.
Det er også blitt iverksatt ekstra sikkerhetstiltak rundt Tahrir-plassen som var episenteret for folkeopprøret som sørget for at Mubarak måtte gå av.
Dersom Mubarak, som styrte Egypt med jernhånd i nesten 30 år, blir funnet skyldig i drap, risikerer han dødsstraff, ifølge landets justisminister.
Den tidligere presidenten har fram til nå vært i varetekt på et sykehus i feriebyen Sharm el-Sheikh, hvor han har fått behandling etter å ha hatt hjerteproblemer.