Bakgrunnen for forsvarsledelsens samlede oppsigelse skal være uenighet mellom militæret og landets politiske ledelse, ifølge det statlige nyhetsbyrået Anatolia.
Disse uenighetene er de siste årene blitt forsterket av en omfattende etterforskning av en gruppe på 42 militærtjenestemenn som er mistenkt for å ha konspirert om en kupplan mot statsminister Recep Tayyip Erdogans regjeringsparti AKP i 2003.
I flere møter med Erdogan skal forsvarssjef Isik Kosaner de siste dagene ha argumentert for at flere av de mistenkte tjenestemennene, blant dem en gruppe generaler, burde forfremmes når militærets øverste råd møtes i begynnelsen august.
- Les også: Tyrkia hjelper syriske flyktninger
Dette har ikke fått gehør hos regjeringen, som insisterer på at de anklagede generalene må tvinges til å pensjonere seg.
– Jeg går av fordi det er nødvendig, skal Kosaner ha sagt fredag, ifølge BBC.
Militærledelsens avgang er uovertruffen i nyere tid i Tyrkia, som også er medlem av NATO.