Det radioaktive vannet lakk ut til grunnen ved kraftverket som ble rammet av jordskjelv og tsunami i mars.
Det opplyser det japanske atomsikkerhetsbyrået, ifølge nyhetsbyrået Reuters.
Vannet har lekket fra en beholder ved kraftverket. Selskapet som drifter Fukushima-anlegget, Tokyo Electric Power Co. (Tepco), sier at de undersøker årsaken til lekkasjen, som nå har blitt stanset.
Radioaktivt vann
Over tre måneder etter katastrofen i Japan kjemper myndighetene fortsatt med å få kontroll over de ødelagte reaktorene ved kjernekraftverket 240 kilometer nord for Tokyo.
Det har blitt brukt mye vann til å kjøle ned reaktorer som ble skadet da kjølesystemene ble satt ut av spill da katastrofen rammet 11. mars i år. Vannet er i beholdere og er mer eller mindre radioaktivt.
Tidligere i juni var det fare for at 110.000 tonn radioaktivt vann kunne lekke ut i Stillehavet.
- LES OGSÅ: Får måleinstrumenter for stråling
- LES OGSÅ: Livet etter tsunamien
Problemer med rensesystem
Tepco har slitt med å håndtere det radioaktive vannet ved Fukushima Daiichi-anlegget. Selskapet forsøker å bruke et system som renser vannet slik at det kan bli resirkulert og brukt på nytt til å kjøle ned reaktorene.
Det har vært tekniske problemer knyttet til systemet, og myndighetene har sagt at vannet kan lekke ut i Stillehavet hvis ikke det fungerer ordentlig. Mandag ble systemet stanset i en og en halv time på grunn av vannlekkasjen.
Etter at Tepco løste lekkasjeproblemet, restartet de systemet tirsdag ettermiddag, ifølge en talsperson ved kjernekraftverket.
- LES OGSÅ: Tsunami kostet over 1100 milliarder
- LES OGSÅ: Strålingsfaren i Japan er ikke over