Sanader ble pågrepet i Salzburg-området, opplyste det østerrikske innenriksdepartementet fredag.
Denne uken mistet Sanader (57) den rettslige immuniteten han har kunnet nyte som landets tidligere leder. Kort tid etter utstedte kroatiske påtalemyndigheter arrestordre mot ham, på grunn av mistanker om korrupsjon og maktmisbruk mens han var statsminister i perioden 2003-2009.
Rømte hjemmefra
Torsdag forlot Sanader hjemlandet. Han reiste først til nabolandet Slovenia, men ble altså pågrepet i Østerrike dagen etter.
- LES OGSÅ: Eksstatsminister rømte fra Kroatia
En advokat avviste tidligere at Sanader hadde flyktet og fremholdt at det i stedet dreide seg om en forretningsreise som han kom til å returnere fra.
Kroatiske medier begynte raskt å spekulere på om han kunne ha reist til Østerrike, der han tidligere har bodd og studert.
Korrupsjonsjakt
En tidligere nær medarbeider av Sanader ble arrestert tidligere i år, anklaget for korrupsjon, og en rekke andre tidligere topper er under etterforskning.
EU følger nøye med på korrupsjonsjakten i Kroatia, som tar mål av seg til å bli Unionens 28. medlemsstat i 2012.
(NTB)