Han sier også at nedskytingen av MH17 var en konsekvens av Russlands støtte til opprørerne.
– I stedet for å trappe ned konflikten, fortsetter Russland å destabilisere Ukraina. Russlands støtte til separatistene øker i omfang og blir mer avansert, sier Rasmussen.
Under pressekonferansen i Kiev torsdag sa generalsekretæren at Ukrainas frihet og fremtid er under angrep, og la til at Russland dessverre ikke anser NATO som en partner, men som en fiende. Han gjentok også sitt budskap om at Russland må trekke tilbake sine soldater fra grensen.
– Russerne må ikke bruke fredsmekling som et påskudd til krigføring, sier Rasmussen.
Han sier at NATOs støtte vil komme i form av rådgivere og annen assistanse.
USAs finansdepartement sier at de er klare til å komme med nye sanksjoner mot Russland hvis landet ikke endrer kurs i konflikten.
- Les også: Russland stanser import
- Les også: Selger laks til Russland: - Dette får store konsekvenser
– Skyld i flystyrt
Rasmussen kom torsdag til Kiev for samtaler med Ukrainas ledere etter NATOs uttalelse onsdag om at 20.000 russiske soldater står klar langs den ukrainske grensen.
Ukrainas president Petro Porosjenko har invitert Rasmussen til Kiev, og det var blant annet for å drøfte et forestående møte i det formelle partnerskapsforumet som regulerer forholdet mellom de to partene. Etter møtet kommenterte Rasmussen situasjonen mellom Ukraina og Russland, men også flykrasjen øst i landet.
– Nedskytningen av det malaysiske passasjerflyet 17. juli var en tragisk konsekvens av Russlands uforsvarlige støtte til de prorussiske separatistene og ønske om å destabilisere Ukraina, sier han.
Utsetter våpenhvile
En gruppe internasjonale granskere har den siste tiden jobbet med å finkjemme området der flyet styrtet. Granskningen har imidlertid stanset på grunn av kampene mellom Ukrainas militære og de prorussiske separatistene i området.
I en uttalelse skriver ukrainske myndigheter at våpenhvilen utsettes, men vil bli innført på nytt når arbeidet på vrakstedet gjenopptas.
Risikoen for de 70 ekspertene fra Nederland, Australia og Malaysia er for stor til at de kan fortsette arbeidet på stedet, ifølge Nederlands statsminister Mark Rutte.
Ny opprørsleder
Torsdag bekreftet opprørsleder Aleksander Borodaim, statsminister i den selvutnevnte republikken Donetsk at han fratrer sin stilling til fordel for Aleksander Zakhartsjenko, ukrainsk statsborger fra Donetsk.
En kilde sier til Reuters at dette blant annet blir gjort for å trappe ned situasjonen. Det spekuleres også i om lederbyttet gjøres for å dempe kritikken om at opprørerne blir styrt fra Moskva.
Stanser import
Samme dag opplyste Russland at landet innfører fullstendig stopp i import av storfekjøtt, svinekjøtt, frukt, grønnsaker, fjærfekjøtt, fisk, ost, melk og andre melkeprodukter fra EU, USA, Australia, Canada og Norge.
– Forbudet trer i kraft umiddelbart og vil vare i ett år, sier Russlands statsminister Dmitrij Medvedev.
Russland er det største og viktigste eksportmarkedet for norsk sjømat, ifølge Nærings- og fiskeridepartementet. Norge eksporterer laks, ørret, torsk, makrell og sild til Russland. Norge eksporterer også årlig rundt 100 tonn av smøreosten Snøfrisk til Russland.
Russlands forbud mot import av en rekke mat- og landbruksprodukter fra Vesten er helt urimelig, mener utenriksminister Børge Brende (H). Fiskeriminister Elisabeth Aspaker (H) sier hun er i tett dialog med fiskerinæringen om situasjonen.
Det hvite hus sier torsdag at Russlands hevn mot vestlige sanksjoner vil skade landets økonomi.