I 2007 drepte Masanori Kawasaki tre mennesker som lå og sov i sitt eget hjem, blant dem en tre år gammel jente.
– Det var en ekstremt grusom sak, sier justisminister Sadakazu Tanigaki, som beordret henrettelsen.
I tillegg til USA er Japan det eneste store industrialiserte demokratiet som bruker dødsstraff. Henrettelsen er den niende i landet siden den konservative regjeringen til Shinzo Abe fikk makten i desember 2012.
- Les også: Japan vil revurdere dødsstraff
Undersøkelser har vist at dødsstraff har overveldende støtte i det japanske folket, til tross for protester fra europeiske myndigheter og menneskerettighetsorganisasjoner. 129 mennesker sitter på dødscelle i Japan, ifølge lokale medier.