Samtidig varsler brorskapet en massedemonstrasjon i Kairo i ettermiddag.
I tråd med muslimsk tradisjon skal de døde begraves raskest mulig, og vanligvis dagen etter at de har gått bort.
På Twitter skriver nå Morsi-tilhengere at mange av begravelsene vil finne sted snart i Al-Eman-moskeen i Kairo.
- De offisielle tallene er at 278 mennesker ble drept i onsdagens sammenstøt, mens Det muslimske brorskapet oppgir at så mange som 5000 ble drept.
- Les også:
Al-Eman-moskeen ligger ikke langt fra Rabaa al-Adawiya-moskeen der Morsi-tilhengerne hadde sin største demonstrasjonsleir før sikkerhetsstyrkene gikk til aksjon onsdag morgen.
Ifølge det statlige nyhetsbyrået MENA er tusenvis av Morsi-tilhengere samlet utenfor moskeen i morgentimene.
I en kunngjøring fra brorskapet torsdag formiddag het det at demonstrantene skulle marsjere fra Al-Eman-moskeen senere samme dag for å protestere mot sikkerhetsstyrkenes framferd.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Portforbudet opphevet
Nattens portforbud er nå opphevet i Kairo og ti andre provinser, men livet er ikke tilbake til det normale i Egypt.
NRKs korrespondent i Kairo, Lars Sigurd Sunnanå, rapporterer at det ser ut til å være lettere trafikk i gatene enn vanlig enn morgen og at bankene kommer til å holde stengt også i dag.
Sunnanå forteller om en hovedsakelig rolig natt, og at det har vært veisperringer bemannet med borgervern i hovedstaden.
Sammenstøt i natt
Andre steder i Egypt har det vært sammenstøt i natt, til tross for unntakstilstanden som myndighetene har innført.
Det muslimske brorskapet sier at mange var ute i gatene i Egypts nest største by Alexandria, og også i to andre provinser kom det til sammenstøt mellom tilhengere og motstandere av landets styrtede president.
Ifølge den statlige avisen Al-Ahram og den uavhengige avisen Al-Masry Al-Youm angrep Morsi-tilhengere politistasjoner flere steder i løpet av natten.
17 kirker angrepet
17 kirker er også angrepet av islamister det siste døgnet, opplyser en talsmann for den katolske kirken i landet.
Ifølge statlige medier kommer angrepene mot kirkene som hevn etter at den koptiske paven Tawadros ga sin støtte til militærkuppet som støtte president Morsi.
Mest dramatisk skal situasjonen ha vært i byen Assiut, der kristne måtte rømme en kirke over taket og til en nabobygning etter at en folkemengde angrep kirken.
Kopterne er den største religiøse minoriteten i Egypt og utgjør cirka ti prosent av landets befolkning.
- Les også: