I Afghanistan, hvor 58 mennesker så langt er bekreftet omkommet, er 30 mennesker også savnet.
Det voldsomme regnet traff provinsene Nangarhar, Kabul, Khost, Laghman og Nuristan tidlig lørdag, melder nyhetsbyrået AP.
I Kabuls Surobi-distrikt forteller politisjef Shaghasi Ahmadi at 34 mennesker ble drept i avsidesliggende fjellområder. Ahmadi sier at 22 av likene ble funnet i Laghman etter å ha blitt dratt med av vannmassene.
Minst 237 hjem ble jevnet med jorden bare i Surobi.
Det renner en rekke elver gjennom distriktet, i tillegg til at det er høy talibanaktivitet der.
Ifølge Ahmadi blir det nå sendt telt, mat og andre nødforsyninger til distriktet fra hovedstaden Kabul.
I den nærliggende Nangarhar-provinsen opplyser de afghanske myndighetene om 17 dødsfall som følge av uværet. President Hamid Karzais kontor sier at syv andre mennesker omkom i provinsene Khost og Nuristan.
Storby paralysert
Monsuntiden har også brakt med seg store nedbørsmengder i den pakistanske havnebyen Karachi, der flere av hovedveiene står under vann.
Vannmengdene har paralysert den pakistanske storbyen med 18 millioner innbyggere. Over hundre hjem i tillegg til en fabrikkveg ble jevnet med jorden, og flere veier er stengt, skriver AFP.
Hundrevis av biler ble tatt av vannmassene da kloakk- og dreneringssystemene i Karachi ble tettet på grunn av søppel.
Varsler mer nedbør mandag
Totalt er 45 mennesker bekreftet omkommet i Pakistan så langt. 19 i Karachi, 20 nordvest i provinsen Khyber Pakhtunkhwa og seks i den sørvestlige provinsen Baluchistan.
I tillegg skriver avisen The Times of India at så mange som 70 landsbyer med flere tusen innbyggere er helt isolert i provinsen Punjab.
Semi Jamali ved Jinnah-sykehuset i Karachi opplyser til AFP at de fleste dødsfallene skyldes elektrisk strøm eller hustak som kollapset.
Ingeniørtropper nå satt inn for å bistå i byen, og det er ventet at oppryddingsarbeidet i den økonomisk svært viktige byen vil ta flere dager.
Men mer regn- og tordenvær er på vei mandag, varsler pakistanske krisehåndteringsmyndigheter. De sier flere elver kan komme til å gå over sine bredder.
