I en TV-sendt pressekonferanse uttalte presidenten at han hadde beordret landets militære styrker til å ta seg av sikkerheten i delstatene Adama, Borno og Yobe.
Ifølge BBC har han også bedt om at flere styrker skal sendes til de tre nordøstlige statene.
2000 drept
Ekstremistgruppen Boko Haram har blitt beskyldt for å stå bak det meste av volden. Gruppen skal ha drept rundt 2000 mennesker siden 2010.
– Det vi står overfor er ikke bare kriminelt. Det er et terroristopprør som utgjør en veldig alvorlig trussel til det nasjonale fellesskapet og vår territorielle integritet, sier Jonathan.
– Vi skal finne dem
Med referanse til nylige angrep på myndighetsbygg og drap av både embetsmenn og sivile uttalte presidenten:
– Disse angrepene minner om en krigserklæring. Vi skal finne de ansvarlige og få dem for retten, sier han.
Samtidig ba han lokale politikere og embetsmenn bli på sin post.
Senest i går uttalte partiet The Peoples Democratic Party (PDP), som Jonathan selv tilhører, at det ikke ville bli snakk om noen unntakstilstand i landet.
I forrige uke måtte presidenten avbryte en tur til Sør-Afrika på grunn av den økende volden i hjemlandet.
