Sosialdemokraten Zeman ledet med 55,8 prosent av stemmene mot 75-årige Karel Schwarzenbergs 44,2 prosent, viste prognosene da nærmere 94 prosent av valgdistriktene hadde rapport inn sine resultater.
- LES OGSÅ: Presidentduellen står mellom disse to
Den konservative Schwarzenberg gjorde det overraskende bra i første runde av valget for to uker siden og fikk bare ett prosentpoeng mindre enn Zeman.
Men den 7 år yngre og fargerike sosialdemokraten og tidligere statsminister Zeman trakk til slutt det lengste strået. Han ble dermed historisk. Det er første gang en president velges direkte i Tsjekkia.
Vinneren tar 7. mars over etter EU-skeptikeren Václav Klaus, som selv er høyreorientert men som i valgkampen har støttet Milos Zeman.
Tsjekkerne har avgitt stemmer i to omganger og den siste runden har gått over to.
- LES OGSÅ: