Ifølge øyenvitner traff raketten en bil nær flyktningleiren Jabalya. De tre drepte tilhørte Saraya al-Quds, opplyste den militante gruppa etter angrepet.
Det israelske militæret hevdet de drepte var i ferd med å skyte raketter inn mot Israel.
Rakettangrepet mot bilen er det første rettet mot militante islamister siden Gaza-krigen i vinter.