Uroen brøt ut da 400 politimenn forsøkte å fjerne en veisperring som 5.000 innbyggere hadde bygd med tømmerstokker og steiner i Utcubamba-provinsen i forrige uke.
Minst 54 personer døde etter at politi gikk hardt ut mot urbefolkning som protesterte mot ressursutvinning i Amazonas.
Demonstrantene hadde frem til dette holdt ikke-voldelige demonstrasjoner i flere måneder ved å blokkere veier og elveløp.
De omstsridte lovene skulle tilrettelegge for investering i oljeutvinning og tømmerhogst i det peruanske Amazonas. De er en del av en rekke tiltak som skal tilrettelegge for utenlandsk investering.
Tiltakene ble vedtatt av Perus president Alan García i samsvar med en fullmakt han fikk av nasjonalforsamlingen til å iverksette en frihandelsavtale med USA.
García har nå femten dager på seg til å underskrive nasjonalforsamlingens avgjørelse eller bruke sin vetorett.
Den demonstrerende parten i konflikten hevder at over 100 personer er savnet.
Les også: