De to mennene ankom skolen i byen Lashkargah, hovedstaden i provinsen Helmand, på formiddagen.
– De skjøt vaktmannen før de åpnet ild mot noen lærere som ikke ble truffet, men de skjøt og drepte en 18 år gammel mannlig elev, sier vitnet Sargar Mohammad.
Før angriperne dro fra skolen, skjøt de i lufta og ropte at skolen måtte stenge hvis ikke flere skulle bli drept.
Helmands politisjef Abdul Rahman Sabir bekrefter at to personer ble drept i angrepet på skolen.
Torsdag angrep Taliban-geriljaen en annen skole i Helmand og skjøt og drepte en lærer fordi han underviste jenter.
President Hamid Karzai har sterkt fordømt dette drapet.