Uansett hvem som kritiserer paven, har de misforstått målet med talen hans. Det var en invitasjon til dialog mellom religioner, sa Merkel fredag.
Muslimske ledere verden over krever en unnskyldning fra paven fordi de mener han knyttet islam til vold i en tale han holdt tirsdag.
I talen, som ble holdt ved universitetet i Regensburg, kom paven inn på de filosofiske forskjellene mellom islam og kristendommen, og forholdet mellom vold og tro.
Pakistans nasjonalforsamling vedtok fredag en resolusjon som kritiserer paven i sterke ordelag.
Pavens nedsettende bemerkninger om filosofien rundt jihad og profeten Muhammed har såret følelser over hele den muslimske verden og kan føre til bitterhet mellom religionene, heter det i resolusjonen.
Spre tro med sverd
Paven siterte en bysantisk keiser fra 1300-tallet, Manuel II Palailogos.
- Vis meg akkurat hva Muhammed kom med som var nytt og der vil du finne bare onde og umenneskelige ting, slik som hans ordre om å spre troen sin ved hjelp av sverdet, het det i sitatet som har skapt slik oppstandelse.
Pavens poeng skal ha vært at vold er uforenlig med både guds og sjelens natur, skriver BBC.
Paven understreket hele to ganger at det var snakk om et sitat, og i ettertid har pavens offisielle talsmann understreket at han ikke hadde til hensikt å såre muslimene.
- Pavens hensikt var å dyrke respekten og dialogen med andre religioner og kulturer, og det er klart at det inkluderer islam, heter det i en uttalelse fra Vatikanets talsmann Federico Lombardi ifølge BBC.
Fordømmelse
Likevel møter paven en mur av fordømmelse fra muslimske ledere. Den ledende opposisjonsgruppen i Egypt, Det muslimske brorskap, sier pavens uttalelser er alvorligere enn karikaturene av profeten Muhammed.
- Jeg tror vi vil få se ekstreme reaksjoner på pavens ord, som skader islam mer enn karikaturene fordi de kommer fra en leder som representerer millioner av mennesker, og ikke bare fra en journalist, sier en av gruppens ledere, Abdel Moneim Abul Futuh.
Pavens uttalelse har også ført til sinne i Tyrkia, hvor Benedikt reiser på sin neste utenlandstur i november.
Lederen for Tyrkias direktorat for religiøse saker, Ali Bardakoglu, sier uttalelsene er full av fiendskap og nag, og han sa at paven ikke burde komme til Tyrkia.