Onsdag kveld vedtok bystyret enstemmig en uttalelse der det står at bystyret merker seg den skepsisen som er kommet fram.
Høyres Hans Otto Lund ville først vedta at sammenslåingsprossen burde stoppes.
Sterk motstand fra blant andre Arbeiderpartiet om å si nei allerede nå, midt i prosessen, gjorde at forslaget ble trukket.
– Råttent eple
I debatten var Hans Otto Lund opptatt av kvalitet ved universitet, og sa at mange var redde for konsekvensene av en sammenslåing.
– Hvis du har en kurv med friske, gode epler og putter et litt råttent opp i denne kurven, da synker kvaliteten på alle eplene, sa Lund.
Ap ville ikke konkludere
Arbeiderpartiets Terje Næss mente det ville være helt feil å gå i mot en sammenslåing.
– Universitetets utvikling er nærmest synonymt med regionens utvikling. Det ville være oppsiktsvekkende å konkludere nå. Universitetsutviklingen er viktigere enn politisk spill, sa Næss.
Om universitetet og høyskolen skal slås sammen avgjøres til sist av regjeringa. Utredningene skal pågå fram til sommeren 2014.
Krever likebehandling
I uttalelsen som ble vedtatt onsdag kveld, krever bystyret også likebehandling av landets universiteter.
Bystyret ser med bekymring på signalene i stortingsmelding 18, som langt på vei skiller unge og eldre universiteter både faglig og økonomisk.
Departementet blir bedt om å rette finansieringsmodellen for universitetene.