Fylkeslegen skal føre kontroll og tilsyn med alle helsetenester og helsepersonell i fylket. Fylkeslegen er også klageinstans for pasientar og pårørande som meiner seg feil handsama av offentleg og privat helserøkt. Kontoret har også ansvaret for førebyggjande tiltak og kvalitetssikring i helsetenesta.
Tidlegare hadde fylkeslegen også ansvaret for autorisasjon av sjukepleiarar og hjelpepleiarar, og kunne også gje mellombels autorisasjon til t.d. legar og andre helsearbeidarar frå utlandet som kom hit som vikarar. Men frå og med 2001 er ansvaret for all autorisasjon av helsepesonell samla i eitt sentralt, statleg autorisasjonskontor.
Eigen fylkeslege
Sogn og Fjordne fekk si første ordning med fylkeslege i 1891, men heilt fram til 1966 var dette viktige embetet berre lagt som ei bistilling til ein av distriktslegane i Sogn. Såleis har embetet vore knytt både til distriktslegestillingane i Gulen og i Sogndal.
Dei første 20 åra fungerte "amtslegen" stort sett berre som ein inspektør som hadde tilsyn med dei sinnssjuke. Men fylkeslegen fekk ved ei ny legelov i 1912 nye å auka plikter. No skulle han ha tilsyn med heile medisinal- og helsestellet og vere konsulent for fylkesmannen. Såleis kom både
Ludvig Trædal, H.J. Blaauw og
Rolf Hegbom til å spele nøkkelrollar i korleis sjukehusvesenet i Sogn og Fjordane vart organisert i det 20. hundreåret.
Fylkeslegar i Sogn og Fjordane
1891-1904 J.L. Møinichen
1904-1918 J. Fr. Nielsen (distriktslege i Gulen)
1918-1947
Ludvig Trædal
1947-1966 H.J. Blaauw
1966-1994
Rolf Hegbom
1994-1995
Arne Sunde
1995-
Petter Øgar