På same vis som Måløy på slutten av 1800-talet avløyste Vågsvåg og Torskangerpollen som fiskerihamn, vart aktiviteten flytta inn til Florø frå dei små fiskeværa på Kinn, Batalden og Rognaldsvåg som låg lengre vest: Kring 1900 vart nemleg robåtar og seglskøyter avløyste av fiskedampskip og motorbåtar i dei norske fiskeria. Ei trygg og god hamn vart viktigare enn kort utror til fiskefelta når motoren no kunne gjere jobben. Motorskipa kravde dessutan større hamn og tilgang til slippar og motorverkstader.
I 1865 vart hamnestellet organisert med eigen hamnefut. Den første var
Jens Bloch Helmers frå 1865 til 1898.
Florø hamn har i dag stor trafikk av lasteskip og oljeforsyningsbåtar, og oljebasen på Botnaneset er såkalla Eurohamn for røyr til oljeindustrien.
Amtskaia
(Fylkeskaia) midt i byen vart vedteken bygd i 1877 og påbygd fleire gonger seinare for å kunne tene som ekspedisjonskai for Fylkesbaatane. Fram til kaia vart bygd, hadde Fylkesbaatane (sjå
Skiping av Fylkesbaatane 1858) vorte ekspederte frå robåt ute på Florevika. Fylkesbaatane nytta kaia fram til dei flytta til Fugleskjærskaia midt på 1960-talet.
Det gamle ekspedisjonsbygget på Fylkeskaia er idag restaurert og nytta til ungdomsklubben "Haffen".