Republikanerne har flertall i Representantenes hus, og forslaget ble vedtatt med 225 mot 201 stemmer.
Republikanernes flertallsleder i huset, John Boehner, sier søksmålet er ment å utfordre Obamas «forsøk på å lage sine egne lover».
I søksmålet hevdes det at Obama gikk ut over sine myndigheter ved alene å utføre omfattende endringer gjennom helsereformen, kjent som Obamacare.
– Vår frihet er truet. Vi kan ikke sitte stille og se på at presidenten river grunnloven i filler, sier republikaneren Tom Rice.
Grunnlag for riksrett
Vedtaket er det hittil siste i en lang rekke med forsøk fra republikaneren på å undergrave Obamas helsereform.
Likevel mener flere Tea party-aktivister at partiet slett ikke går langt nok med vedtaket om søksmål.
Tidligere visepresidentkandidat Sarah Palin er blant dem som mener saken gir grunnlag for riksrett mot Obama, skriver Washington Post.
Representantenes hus har kommet med flere titalls vedtak om å tilbakekalle helseloven. Men alle vedtak er blitt blokkert av Senatet, der Demokratene har flertall.
«Stop just hatin’ all the time»
Striden viser hvor polarisert klimaet i Washington er, noen få måneder før mellomvalget i høst. I en kommentar til onsdagens vedtak ba Obama republikaneren om å slutte med å hate hele tiden.
– Slutt å være sint hele tiden. Stopp, stopp, stopp kun å hate hele tiden, sa Obama under en tale i Kansas City, melder nyhetsbyrået Reuters.